1926年、かつて解党に反対していた荒畑寒村が事後処理のために作った委員会（ビューロー）の手で共産党は再結党された（第二次日本共産党）。佐野学、徳田球一らが幹部となっている。1927年には「27年テーゼ」がコミンテルンから通告される。これにより、社会民主主義との闘争の強調や、ファシズムと社会民主主義を同列に置く「社会ファシズム」論を採用することになる。この理論は、山川や福本和夫の理論を否定するものであったため、労農派と論争が起こり、両者は決裂することになる。この対立は1938年の人民戦線事件で労農派が消滅するまで続いた。（日本民主革命論争・日本資本主義論争）。
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当時の党組織は、非合法の党本体と、合法政党や労働団体など諸団体に入って活動する合法部門の2つの柱を持ち、非合法の地下活動を展開しながら、労働農民党（労農党）などの合法政党に顔を出して選挙活動を支えた。幹部であった野呂栄太郎らの『日本資本主義発達史講座』などの理論活動、小林多喜二や宮本百合子らのプロレタリア文学活動にも多大な影響を与えた。
1927年の第16回衆議院議員総選挙では徳田球一、山本懸蔵をはじめとする何人かの党員が労農党から立候補し、選挙戦のなかで「日本共産党」を名乗る印刷物を発行した。総選挙では労働農民党京都府連合会委員長の山本宣治が当選した。